volcano是什么意思,volcano的意思翻译、用法、同义词、例(别再问我这为什么是火山图)

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火山图是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如pvalue）和变化幅度相结合，从而能够帮助快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因等）。常应用于转录组研究，也能应用于基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。

所以关注火山图（其它类型图也是），先理解每个点是什么（点代表基因、样品、通路或其它的，这个认识可以来自于常识，更准确的是看作者的描述），然后看横轴代表什么、纵轴代表什么，再看图例中展示的其他信息，如颜色、大小和形状分别代表什么。这些都理顺了，图理解就不难了。

但没想到，在我们易生信培训过程中，对火山图的问题还是比较多的，我们一个个的说一下。

理解完这些之后，再来看火山图。

火山图虽然用的多，但其实能提供的信息算不上多，一般是在上面标记一些关注的基因的名字，然后在正文中做下描述。标记基因名字的方式也比较多，图二中左图的颜色标示是一个不错的选择。

图二右图来自2017年发表在Cell的一篇文章-EpigeneticTherapyTiesMYCDepletiontoReversingImmuneEvasionandTreatingLungCancer。

一排火山图放在一起是不是很有气势，更主要的是展示了5种疫苗诱导的差异基因数目显著不同，在图上红点多少展示出的视觉冲击还是优于图标中的数字表示的，更容易留下直观的印象。个人觉得是一个很有特色的火山图案例。

图三来自文章Edwards,J.,etal.(2015).PNASFig.2A。

这是一篇16S分析文章较系统的作品，两年被引用147次，推荐阅读。上面的火山图展示了水稻根不同生态位相对于土壤中显著差异的OTU，横坐标是相对丰度平均值（Log10转换），纵坐标是Log10(foldchange)，整体类似于图一中的左图，只是转换了X和Y轴变量。

火山图就是散点图，点的颜色可展示代表性属性。

图四来源—https://arxiv.org/pdf/1103.3434.pdf：

第6号染色体上的探针/基因用红色标记，在基因注释中带有“细胞因子”的探针/基因用蓝色标记。

增强火山图之在基本火山图的基础上，标注有变量-基因名。

上图共有64102个变量，绿色的点的|log2FC|>1，蓝色的点是Pvalue<0.0001。红色的点是满足了以上两点要求的变量。

如有雷同数据，可大胆参照模仿，更多增强火山图见：传送门（代码）??

最简单的绘制方法是使用我们的在线网站——imageGP(http://www.ehbio.com/ImageGP/)。

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