ASE是什么意思、读音，ASE基本功能介绍

今天给各位分享ASE是什么意思、读音的知识，其中也会对ASE基本功能介绍进行解释，如果能碰巧解决你现在面临的问题，别忘了关注本站，现在开始吧！

一、ASE指北以及个人常用功能简介(本文转载于张佳伟个人微信公众号)：

ASE(AtomicSimulationEnvironment)isasetoftoolsandPythonmodulesforsettingup,manipulating,running,visualizingandanalyzingatomisticsimulations.

https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/index.html

发表的文章链接：

https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1361-648X/aa680e/meta

ASE的设计目标:

ASE是一个强大的引擎，可以同时提供计算接口，数据分析以及可视化的功能。

此外，ASE可以绑定多种计算器（VASP，CP2K等等），也可以绑定自己训练的神经网络模型。这里我常用的是VASP，可以根据个人服务器配置阅读文档。

此外，ase支持多种格式的文件读写

二、ASENEB简介

ASE构建邻近原子列表

三、ASEDB简介

ASEDB还支持命令行，并提供了一些简单的query查询功能，可以做初步的数据搜索查询。

#支持数据库常见的增删改查功能\nfromase.dbimportconnect\nwithconnect('jwzhang.db')asdb:\ndb.write(traj,data={'info':'jwzhang'})\nwithconnect('jwzhang.db')asdb:\ncount=db.count\nforidxinrange(1,count+1):#asedb的ID从1开始\ndb.update(idx,foo='bar')\nwithconnect('jwzhang.db')asdb:\nforidxinrange(1,count+1):\ndeldb.get(idx)#ordb.delete(idx)\n

ase自带了一些keys,可用于检索查询数据。

四、ASE可视化

aseguineb.traj\naseguineb.traj@::2-odemo.gif#查看部分结构，步长为2\naseguineb.traj@::1-odemo.gif#将traj结构输出成gif\n

直接打开traj文件会显示所有的结构，以及不同结构的能量曲线。

(1)自定义ASE计算器

fromase.calculators.calculatorimportCalculator#Base-Classforallcalculators\n'''\nmodel:neuralnetworkmodel,outputatom'senergyandforces\n'''\nclassMyCalculator(Calculator):\ndef__init__(self,energy=None,forces=None,**kwargs):\nCalculator.__init__(self,model,**kwargs)\nself.model_energy=energy\nself.model_forces=forces\nself.model=model\ndefcalculate(self,atoms=None,properties=['energy']):\nCalculator.calculate(self,atoms)#copyatoms\nmodel_results=self.model(atoms)\nresults={}\nifself.model_energyisnotNone:\nresults['energy']=model_results['energy']\nifself.model_forcesisnotNone:\nresults['forces']=model_results['forces']\nself.results=results\n

(2)与PyMatgen交互

asetraj和pymatgenstructure之间转化

fromase.ioimportread\nfrompymatgen.io.aseimportAseAtomsAdaptor\nadaptor=AseAtomsAdaptor\natoms=read('jwzhang.traj')\nstructure=adaptor.get_structure(atoms)\n

参考资料：

ASE学习教程：

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