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Sanger是什么意思?用法、例句 DNA 序列测定——双脱氧( Sanger ) 测序法

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Sanger是什么意思?用法、例句 DNA 序列测定——双脱氧( Sanger ) 测序法

1、双脱氧法或酶法利用DNA聚合酶合成单链DNA模板的互补拷贝,这一方法最先由F.Sanger及其合作者发展而来。DNA聚合酶不能起始DNA链的合成,而是在复性于“模板“DNA的引物的3‘端上进行链的延伸(图1)。链的延伸是在引物生长端的3′羟基掺入脱氧核糖核苷酸。双脱氧测序法利用了DNA聚合酶能以2′,3’-双脱氧核糖核苷酸(ddNTP)为底物的特性。当ddNTP被掺入到延伸着的引物的3′端时,由于链上3′羟基的缺乏,链的延伸就会终止。在4个测序反应的每个反应中加入4种可能的ddNTP中的一种,即可产生4种不同的反应。调整每个测序反应中的ddNTP与dNTP的比例,使部分引物延伸链分别终止于每一个在模板DNA出现该碱基的位置上。这种测序方式,每个延伸反应的产物是一系列长短不一的引物延伸链,它们都具有由复性引物所决定的固定的5’端和终止于某一ddNTP的不定的3’端。

2、常用的双脱氧测序法有两种常用方案。最早期的双脱氧法,称之为Sanger法(Sangeretal.1977,1980),是利用大肠杆菌DNA聚合酶I的Klenow片段而发展起来的。引物在需要测序的单链DNA模板的3′端进行复性(图1)。分成4份进行反应,每一份反应中都含有DNA聚合酶、3种未标记的dNTP、一种标记的dNTP及其相应的ddNTP(图1右侧)。引物的延伸和标记进行至摄入ddNTP后被终止。在接下来的反应中,追加高浓度的4种dNTP使未被ddNTP终止的链再延伸

3、以产生更高分子质量的DNA,这种DNA链滞留在测序胶的顶部无法分辨。测序产物的平均长度通过ddNTP/dNTP的比率来控制,比率越高产物越短。

4、标记/终止法利用修饰的T7噬菌体DNA聚合酶得到进一步发展。在两个独立的反应中分别进行引物的标记和双脱氧核苷酸的掺入(图1左侧)。复性的引物在4种低浓度dNTP(其中1种是放射性标记的)存在时进行延伸。DNA的合成持续到一种或多种dNTP被耗竭为止,这样可保证掺入全部的标记的脱氧核糖核苷酸。标记的混合物分到4个独立的反应中,每个反应除了含有4种dNTP外,还各含4种ddNTP中的1种。在链终止反应步骤中,高浓度的dNTP保证DNA逐次合成至生长链因ddNTP的掺入而终止。测序产物的平均链长取决于标记反应中dNTP的浓度(浓度越高产物越长)和终止反应中ddNTP:dNTP的比例。

5、当使用测序酶的时,标记/终止法能得到平均长度长于Sanger法的测序产物。所以这种方法对于从每个模板上获得最大散序列的信息是更有利的。对于测定小片段DNA(如证实结构),Sanger法通常就足够了。如确定引物后几个核苷酸的序列信息,Sanger法则更可靠。热稳定的DNA聚合酶也可以用于双脱氧测序。因为耐热DNA聚合酶可以在高温下工作,可以用它进行热循环反应,这样可以提高测序产物的产量,因而提高了灵敏度。此外,热稳定聚合酶可以使DNA模板的二级结构变性,而DNA的二级结构会干扰延伸进程。

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